I rilievi del Complesso Demaniale appaiono rivestiti fino alla sommità da estesi boschi di latifoglie, con faggete nelle parti sommitali e castagneti, prevalentemente da frutto, nelle zone più basse. A seconda del versante e dell’esposizione oltre a queste due tipologie di bosco sono presenti estesi boschi misti, con roverelle, cerri, carpini e altre piante tipiche di questo fascia vegetazionale.
Al di sopra degli 800-900 metri si trova il faggio, riconoscibile per le macchie argentate e la superficie liscia del tronco. Scenari spettacolari e ambienti molto adatti per gli animali sono i castagneti, con maestose piante molto antiche che hanno garantito la sopravvivenza alle popolazioni delle montagne.

Altre specie comuni sono il cerro, usato per la gestione a ceduo e dalla cui corteccia si estrae il tannino per conciare le pelli e il carpino dal cui legno si ricavavano i gioghi e si può ottenere un buon carbone. Ci sono anche numerose specie da frutto selvatiche o coltivate in passato, come meli, peri, ciliegi e noci.
La presenza dell'uomo ha cambiato radicalmente la vegetazione dell'Appennino, prima con un intenso utilizzo e poi con i grandi rimboschimenti a fini riproduttivi o di recupero ambientale a partire dalla fine dell'800. Si notano così il pino nero, l'abete bianco e l'abete di douglas o comunemente douglasia, pianta che cresce velocemente fino a 100 metri di altezza e per questo molto diffusa a fini produttivi.

Nel Giogo-Casaglia si trovano anche circa una quarantina di specie di orchidee, molto legate al territorio che le accoglie, ogni specie ha il suo insetto impollinatore, attirato con strategie sempre diverse, mentre funghi simbionti garantiscono la germinazione del seme. Per questo le orchidee sono sensibili alle evoluzioni dell'ambiente e spesso sono a rischio d'estinzione.