La diversità di ambienti e la scarsa presenza dell'uomo rendono l'area del Giogo-Casaglia particolarmente adatta all'insediamento di diverse specie di animali.
Il lupo
Dopo una progressiva diminuzione a partire dagli anni 70 il lupo ha recuperato l'areale perduto, grazie ad una legge che lo ha dichiarato animale protetto, ad un aumento degli ungulati selvatici e all'abbandono delle montagne da parte dell'uomo.
Il lupo si ciba quasi esclusivamente di animali selvatici. È molto difficile avvistare il lupo, è un animale timoroso e con i sensi molto sviluppati. Lungo i sentieri si possono però trovare le sue tracce, tra cui gli escrementi, fatti di pelle e ossa, lunghe 15-30 cm per 2-3 cm di diametro e le impronte, simili a quelle di un cane di grossa taglia lungo un'unica via retta. Dal 1993 si studia la distribuzione e l'ecologia della specie nella zona.
I rapaci diurni e notturni
Passeggiando lungo i sentieri del Giogo Casaglia si possono avvistare anche numerosi rapaci diurni. Tra questi l'aquila reale, di cui è ormai documentata la presenza stabile di una coppia nella Valle del Rovigo e il falco pellegrino, con ali appuntite e coda lunga, specie ritenute vulnerabili e inserite nella lista rossa italina dell'IUCN (Unione Mondiale per la Conservazione della Natura). Sono presenti anche il gheppio, piccolo falco con ali lunghe e appuntite, la poiana, lo sparviere, l'astore, il pecchiaiolo e il biancone.
Di notte i boschi si popolano di numerosi rapaci, il più comune è l'allocco.
Gli ungulati selvatici
Numerosi interventi di introduzione e reintroduzione rendono oggi gli ungulati numerosi nell'Appennino, così oggi è abbastanza usuale udire in estate uno strano abbaio, il verso del capriolo. Si possono inoltre incontrare tracce di daini, che non fanno parte della fauna autoctona, ma sono stati immessi e si avvistano facilmente nelle zone più aperte al crepuscolo riuniti in piccoli branchi tra cui ci sono anche i daini bianchi. Il cervo presenta invece una minore densità di popolazione. Numerosi sono i segni lasciati dal cinghiale, la cui presenza è molto elevata.
Gli anfibi e i rettili
Nei torrenti e nei piccoli stagni del Giogo-Casaglia si trovano diversi tipi di rana, geotritoni e salamandre e la particolare salamandrina dagli occhiali. È possibile incontrare il biacco, il comune serpente giallo nero, chiamato “frustone” perchè si srotola come una frusta e scappa, e nei torrenti le comuni bisce. Difficile incontrare vipere.
Gli uccelli del bosco
Nel Giogo-Casaglia sono presenti uccelli comuni tra cui la ghiandaia, le cince, il fringuello e il pettirossi. Ci sono anche diversi picchi: il picchio verde, inserito nella Lista Rossa Toscana come specie a più basso rischio, il picchio rosso maggiore e il picchio rosso minore, specie mediamente vulnerabile nella Lista Rossa Toscana, che predilige i castagneti da frutto.
Gli altri animali
Lungo i sentieri del Giogo-Casaglia è possibile trovare tracce di altri animali, tra cui la volpe, il tasso, la faina, la donnola, la puzzola e l'istrice.
Nelle acque del torrente Rovigo si trova il gambero di fiume, diminuito a causa dell'alterazione dei corsi d'acqua e delle catture illegali, il gambero è un bioindicatore ed è in grado di vivere solo in acque pulite. La specie è protetta dalla legge e oggi considerata vulnerabile in base ai criteri della Lista Rossa IUCN.
Dalla primavera all'autunno numerose sono le farfalle, tra cui alcune di interesse comunitario e protette dalla direttiva Habitat, la Licena arion e la falena tigrata.
Approfondimenti sulla fauna si possono trovare nella Guida al Percorso della Biodiversità.